Di SMAN 2 Gunungputri, kegiatan keagamaan dan pengembangan karakter siswa mendapatkan perhatian serius. Salah satu program unggulan adalah pelaksanaan Sholat Duha yang rutin diadakan setiap Jumat pagi. Sholat Duha bersama, yang dilaksanakan mulai pukul 7.00 WIB ini, adalah ibadah sunnah yang memiliki banyak keutamaan, termasuk keberkahan dalam rezeki dan kesejahteraan.
Selain Sholat Duha yang dilaksanakan siswa-siswi dan guru-guru, SMAN 2 Gunungputri juga aktif menggelar kegiatan ROKRIS (Rohani Kristen), yang bertujuan untuk memberikan wadah bagi siswa beragama Kristen dalam memperdalam iman dan pengetahuan rohani mereka. Kegiatan ROKRIS diadakan secara teratur dengan berbagai acara, mulai dari kebaktian hingga diskusi keagamaan, yang mendukung pengembangan spiritual siswa.
Pelaksanaan kegiatan sholat duha bagi siswa siswi muslim dan kegiatan rokris bagi siswa siswi yang beragama Kristen mencerminkan komitmen sekolah dalam memfasilitasi kehidupan rohani dan nilai-nilai moral bagi seluruh siswanya, menjadikan SMAN 2 Gunungputri tempat yang harmonis dan inklusif bagi semua agama.